Μετά το Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο καθιερώθηκε στο Κολλέγιο και ένα νέο είδος υποτροφιών –οι Περιφερειακές Υποτροφίες. Το ξεκίνημά τους «σηματοδοτήθηκε» από το άνοιγμα της διαθήκης ενός Έλληνα μετανάστη, νυκτοφύλακα του Wellesley College στις ΗΠΑ, ο οποίος διέθεσε τις οικονομίες όλης της ζωής του για να σπουδάζει στο Κολλέγιο Αθηνών ένα παιδί από το χωριό του στη Μεσσηνία.

Χάρη στο Πρόγραμμα αυτό, εκατοντάδες παιδιά από κάθε γωνιά της Ελλάδας –από ορεινά χωριά και απομακρυσμένα νησιά- και από την Κύπρο βρήκαν και αξιοποίησαν στο Κολλέγιο σπουδαίες ευκαιρίες για μόρφωση και, εν συνεχεία, επαγγελματική ανάδειξη και κοινωνική καταξίωση.

Μετά τη διακοπή λειτουργίας του Οικοτροφείου του Κολλεγίου, το 1983, το Πρόγραμμα Περιφερειακών Υποτροφιών ανεστάλη για ένα διάστημα. Ο θεσμός «αναβίωσε» το 1989, προσαρμοσμένος στα νέα δεδομένα. Από το 1989 μέχρι σήμερα έχουν έλθει στο Κολλέγιο 15 Περιφερειακοί Υπότροφοι από την Ικαρία και τους Φούρνους, την Άνδρο, τη Ρόδο, την Ήπειρο, την Ευρυτανία, τη Μεσσηνία, την Κεφαλονιά με πλήρη κάλυψη όλων των δαπανών τους (σπουδών, μεταφοράς, διαμονής αυτών και των οικογενειών τους).

Από τη σχολική χρονιά 2018-2019 φοιτούν δύο περιφερειακοί υπότροφοι στο Κολλέγιο, μία μαθήτρια από την Ήπειρο και ένας μαθητής από τα Καλάβρυτα.

Από το ακαδημαϊκό έτος 2020 - 2021, έχει θεσπισθεί η  Υποτροφία «Κωνσταντίνου και Ρέας Νανόπουλου», με σκοπό να βοηθήσει έναν μαθητή που κατάγεται πό την ευρύτερη περιοχή της Μαγνησίας και διαμένει εκεί, να φοιτήσει στο Κολλέγιο Αθηνών. Προτεραιότητα θα δοθεί σε υποψηφίους που διαμένουν στο Πήλιο, τόπο καταγωγής και γενέτειρα του πατέρα και του παππού του δωρητή.

Παράλληλα, έχει θεσπισθεί η Υποτροφία «Ιωάννας Παλαιολόγου» με σκοπό να βοηθήσει έναν μαθητή/μία μαθήτρια που κατάγεται από τη Λήμνο ή τον Άγιο Ευστράτιο και διαμένει εκεί, να φοιτήσει στο Κολλέγιο Αθηνών.